Okrem lineárnej jadrovej DNA (3,3milión báz) máme v bunkách aj kratšiu mitochondriálnu DNA (16,5tisíc báz). Aj z nej sa dajú vyčítať na niektoré choroby. Je kruhová, dedí sa len po matke a pri replikácií má horšiu kontrolu chýb, čím vznikajú rôzne populácie aj v jednej bunke.